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S
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- Sabana Abajo
- Sabanagrande
- Salamá
- Salamá, Colón
- Sambo Creek
- San Agustín, Copán
- San Agustín, Choluteca
- San Antonio, Yoro
- San Antonio, Ocotepeque
- San Antonio, Atlántida
- San Antonio de Cortés
- San Antonio de la Cuesta
- San Antonio del Norte
- San Buenaventura, Cortés
- San Diego, El Paraíso
- San Esteban
- San Fernando, Ocotepeque
- San Francisco, Choluteca
- San Francisco, Atlántida
- San Francisco de Becerra
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- San Ignacio, Departmento de Francisco Morazán
- San Jerónimo, Choluteca
- San Jerónimo, Copán
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- San José, Yoro
- San José, Departmento de La Paz
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- San José de Comayagua
- San José de Copán
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- San José de Río Tinto
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- San José del Boquerón
- San José del Potrero
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- San Juan de Opoa
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- San Luis, Comayagua
- San Luis, Santa Bárbara
- San Luis de Planes
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- San Marcos, Ocotepeque
- San Marcos, Santa Bárbara
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- San Matías, El Paraíso
- San Nicolás, Olancho
- San Nicolás, Copán
- San Nicolás, Comayagua
- San Nicolás, Santa Bárbara
- San Pedro de Tutule
- San Pedro Sula
- San Pedro Zacapa
- San Sebastián, Comayagua
- San Vicente Centenario
- Sandy Bay, Islas de la Bahía
- Santa Ana, Atlántida
- Santa Ana, Departmento de Francisco Morazán
- Santa Ana de Yusguare
- Santa Bárbara, Santa Bárbara
- Santa Cruz, Choluteca
- Santa Cruz, Copán
- Santa Cruz, El Paraíso
- Santa Cruz de Yojoa
- Santa Cruz Minas
- Santa Elena, Cortés
- Santa Fe, Ocotepeque
- Santa Lucía, Ocotepeque
- Santa Lucía, Departmento de Francisco Morazán
- Santa María del Real
- Santa Rita, Santa Bárbara
- Santa Rita, Yoro
- Santa Rita, Copán
- Santa Rosa de Aguán
- Santa Rosa de Copán
- Santa Teresa, Ocotepeque
- Santiago Puringla
- Savannah Bight
- Sensenti
- Siguatepeque
- Silca
- Sinuapa
- Subirana
- Sula, Santa Bárbara
- Sulaco